在水资源污染的同时，我国海洋生态环境状况基本保持稳定，但是有的近岸海域却污染严重，造成了很多海洋环境灾害也频频发生。目前，我国的近岸以外的海水质量良好，但近岸海域情况污染严重令人十分担忧。
海洋浮游生物和底栖生物自然分布格局未发生显著变化；海草、红树等群落结构保持基本稳定。国家级海洋保护区的海洋生物资源、自然遗迹和生物多样性等保护对象基本保持稳定。实施监测的近岸河口、海湾等典型海洋生态系统处于亚健康和不健康状态。
部分海洋生态系统健康状况下降。环境污染、人为破坏、资源的不合理开发是造成典型生态系统健康状况较差的主要原因。陆源入海污染压力巨大，邻近海域环境较差。主要河流入海监测断面水质较差，枯水期、丰水期和平水期，河流携带入海的污染物总量过多。
陆源入海排污口达标排放率仍然较低，入海排污口邻近海域环境质量状况总体较差，排污口邻近海域水质无法满足所在海域海洋功能区的环境保护要求。主要功能区环境状况总体良好，基本满足使用要求。海洋倾倒区环境状况基本保持稳定，倾倒活动未对周边海域生态环境及其他海上活动产生明显影响。