1.硝化和脱氮
氨(NH3)被亚硝化细菌氧化成亚硝酸，亚硝酸再被硝化细菌氧化成硝酸，称为硝化作用，硝化作用需要消耗氧气，当水中溶氧浓度低于1～2毫克/升时硝化作用速度明显降低。在水中溶氧缺乏的情况下，反硝化细菌能将硝酸还原为亚硝酸、次硝酸、羟胺或氮时，这种过程称为硝酸还原，当形成的气态氮作为代谢物释放并从系统中流失时，就称之为脱氮作用。
2.藻类和植物的吸收
因为藻类和水生植物能利用铵(NH4+)合成氨基酸，所以藻类对氨氮的吸收是池塘中氨氮去除的主要方法，冬天藻类的减少和死亡会使水中的氨氮含量明显上升。
3.挥发及底泥吸收
在池塘中氨氮浓度高、高pH值、采取增氧措施、有风浪、搅动水流等情况下，都会有利于氨氮的挥发。底泥土壤中的阴离子可以结合铵离子(NH4+)，在拉网或发生类似的引起底部搅动的操作时，池底沉积物会暂时悬浮在水中，铵离子(NH4+)就会被释放出来。
4.矿化及回到生物体内
所谓矿化，即部分氨氮以有机物的形式存在于池底土壤中，这些有机物质分解后又回到水中，分解速度依赖于温度、pH、溶氧以及有机物质的数量和质量。进入水生动物体内即当水中氨氮浓度高时，氨(NH3而不是NH4+)能通过鳃进入水生生物体内。
检测水体中的氨氮，可以用奥克丹水产养殖水质测定仪。
氨氮的控制方法
1.清淤、干塘
每年养殖结束后，进行清淤、干塘，曝晒池底，使用生石灰、强氯精、漂白粉等对池底彻底消毒，可去除氨氮，增强水体对pH的缓冲能力，保持水体微碱性。
2.加换新水
换水是最快速、有效的途径，要求加入的新水水质良好，新水的温度、盐度等尽可能与原来的池水相近。
3.增加池塘中的溶氧
在池塘中使用池塘底部增氧剂，可保持池塘中的溶氧充足，加快硝化反应，降低氨氮的毒性。使用奥克丹水质检测仪检测池塘中的溶解氧。
4.加强投饲管理
选用优质蛋白原料，使用具有更高氨基酸消化率的饲料，避免过量投喂，提高饲料的能量、蛋白比，并在饲料中定期添加“EM菌”及“活性干酵母”可调整水生生物肠道菌群平衡，产生酵母菌素，通过改善水生生物对饲料的利用率而间接降低水中氨氮等有害化学物质的含量。
5.在池塘中定期施用水体用微生态制剂
在养殖过程中定期使用富含硝化细菌、亚硝化细菌等有益微生物菌的水体用微生态制剂，并配合池塘底部增氧剂，增加池底溶氧，直接参与水体中氨氮、亚硝酸盐等的去除过程，将有害的氨氮氧化成藻类可吸收利用的硝酸盐。
6.其他措施
合理的放养密度；定期检测水质指标
施用沸石粉吸附氨氮(1g沸石可除去8.5mg总氨氮）；
多开增氧
使用磷肥来刺激藻类生长，吸收氨氮；
控制水体pH在7.6~8.5之间，不让池塘的pH值过高；